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バイオシミュレーション

お知らせ


科目名バイオシミュレーション [ シラバス ]


生命現象を理解するためには、個々の部品(遺伝子、タンパク質、代謝物質など)を理解するとともに、それらが相互作用して同時に動いている状態を理解する必要があります。生命分子の複雑な相互作用とその結果を理解するために、近年、コンピュータ・シミュレーションを生命科学に応用する研究が進んでいます。
この科目では、生命現象をモデル化しシミュレーションを行うための方法、どんな問題に対してバイオシミュレーションを用いるべきか、精密なバイオシミュレーションの実現のために必要な技術など、有効なバイオシミュレーションを実行するために必要となる知識、技術を多面的に学びます。また、SFCで開発された細胞シミュレーション環境「E-Cell」を利用し、履修者自身が生命現象のシミュレーションに取り組みます。


担当者 内藤 泰宏佐野 ひとみ
授業期間2013年秋学期 金曜日1時限,金曜日2時限
授業レベル 学部
参考文献 参考文献リスト


授業ビデオとマテリアルFlash Player
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受講したい回をクリックしてください。
第01回2013/09/27 ガイダンス/E-Cellチュートリアル
- 神経細胞のモデル
- 実習書
- ガイダンス(PDF)
 - 授業の進め方を説明します。(内藤)
 - この授業で実習に用いる細胞シミュレーション環境 E-Cell を、動かして
みます。(佐野)


第02回2013/10/04 微分方程式の基礎
- ハンドアウト:微分方程式の基礎(PDF)
- 演習2:結果の例(Excel)
- 演習4:結果の例(Excel)
- 演習6:population.em
- 演習7:Ex7.em
 - 微分方程式の基礎(講義)(内藤)
 - 微分方程式の基礎(実習)(内藤)


第03回2013/10/11 電気生理学入門
- イカ巨大軸索モデル
- 実習書
- 講義資料(PPT) 【履修者限定】
 - 電気生理学の基礎(講義)(佐野)
 - 膜興奮のHodgkin-Huxleyモデル(講義と実習)(佐野)


第04回2013/10/18 E-Cellを使う(1)
- Michaelis-Menten
- Simple Mass Action
- 実習書
- 神経細胞モデル(改)
- 神経細胞モデルのオブジェクト構成(PDF)
- population.em(第2回と同じ)
 - E-Cellシステム概説(講義)(内藤)
 - 質量作用則(講義と実習)(佐野)


第05回2013/10/25 【非公開】E-Cellを使う(2)
- Hodgkin-Huxley model on BioModels (URL)
- テンプレート
- 実習書
- Michaelis-Menten (FixedODE)
- モデルレビュー(PDF) 【履修者限定】
- 論文PDF:Bindschadler and Sneyd (2001) 【履修者限定】
- 論文PDF:Goldbeter and Pourquié (2008) 【履修者限定】
- 論文PDF:Teusink (2000) 【履修者限定】
- 論文PDF:Nyman (2011) 【履修者限定】
- 論文PDF:Bucher (2011) 【履修者限定】
- 論文PDF:Teusink (1998) 【履修者限定】
- 論文PDF:Kim (2007) 【履修者限定】
 - EMを書く(講義と実習)(佐野)
 - 最終課題向けモデルレビュー(1)(講義)(内藤)

第06回2013/11/01 E-Cellを使う(3)
- ハンドアウト:データの保存と活用(PDF)
- Variable_CELL_V_neg_Value.txt
 - データの保存と活用(講義と実習)(内藤)
 - 最終課題向けモデルレビュー(2)(講義)(佐野)


第07回2013/11/08 E-Cellを使う(4)
- ハンドアウト:スクリプトで制御する(PDF)
 - スクリプトで制御する(講義と実習)(内藤)
 - 最終課題のモデルを選ぶ


第08回2013/11/15 【非公開】中間試験
E-Cellの使い方の理解、最終課題に選んだモデルの理解について口頭試問を
行う。

第09回2013/11/29 【非公開】最終課題のモデル作成(1)
- 最終課題一覧(Excel) 【履修者限定】
- Bindschadler01-0.em
- Bindschadler01-1.em
- Bindschadler01-2.em
- Bindschadler01-3.em
- Bindschadler01-4.em
- Bindschadler01-5.em
- Bindschadler01@BioModels (URL)
各自、最終課題に取り組む。

第10回2013/12/06 【非公開】最終課題のモデル作成(2)
各自、最終課題に取り組む。

第11回2013/12/13 【非公開】最終課題のモデル作成(3)
各自、最終課題に取り組む。

第12回2013/12/20 【非公開】最終課題のモデル作成(4)
各自、最終課題に取り組む。

第13回2013/12/27 【非公開】最終試験
最終課題の口頭試問を行う。

第14回2014/01/17 【非公開】成果発表会
最終課題のプレゼンテーションを行う。

第15回 質疑応答


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