KGC


[ Japanese ]
BIOSIMULATION

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TitleBIOSIMULATION [ Syllabus ]



Faculty Yasuhiro Naito,Hitomi Sano
Term2011 Fall
Level Undergraduate


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#012011/09/30 ガイダンス/E-Cellチュートリアル
- イカ巨大軸索モデル
- 講義資料(E-Cellチュートリアル)
- 講義資料(ガイダンス)(PDF)
  • 授業の進め方を説明します。(内藤)
  • この授業で実習に用いる細胞シミュレーション環境 E-Cell を、動かし てみます。(佐 野)


#022011/10/07 微分方程式の基礎
- ハンドアウト(PDF)
- モデルファイル population.em
- 演習7 Ex7.em
- 演習8 Ex8.em
- 【参考】人口の推移と将来人口(総務省統計局・日本の統計より)(Excel) (URL)
- 【参考】マルサス×ヴェアフルスト(Excel)
  • 微分方程式の基礎(講義と実習)(内藤)


#032011/10/14 電気生理学入門
- 講義資料(電気生理学の基礎・膜興奮のHHモデル) [Enrolled Students Only]
  • 電気生理学の基礎(講義)(佐野)
  • 膜興奮のHodgkin-Huxleyモデル(講義と実習)(佐野)


#042011/10/21 E-Cellを使う(1)
- ハンドアウト:酵素反応速度論(PDF)
  • E-Cellシステム概説(講義)(内藤)
  • 質量作用則(講義と実習)(内藤)


#052011/10/28 E-Cellを使う(2)
- 講義資料(EMを書く)
- モデルレビュー [Enrolled Students Only]
- [Model] Bray and Bourret (1995), Bacterial Chemotaxis (URL)
- [Model] Proctor and Gray (2008), The p53-Mdm2 System (URL)
- [Model] Bindschadler and Sneyd (2001), Coupled Calcium Oscillators (URL)
- [Model] Goldbeter and Pourquié (2008), Somite Segmentation Clock (URL)
- [Model] Teusink (2000), Glycolysis (URL)
- [Model] Jiang (2007), Glucose-Simulated Insulin Secretion (URL)
- 学生発表資料(PDF) [Enrolled Students Only]
  • EMを書く(講義と実習)(佐野)
  • 最終課題向けモデルレビュー(1)(講義)(内藤)


#062011/11/04 E-Cellを使う(3)
- 講義資料:データの保存と活用(PDF)
- Variable_CELL_V_neg_Value.txt
- 最終課題向けモデルレビュー2(PDF) [Enrolled Students Only]
- 心筋細胞モデルへの解糖系の導入(論文PDF) (URL)
- 学生発表資料(PDF) [Enrolled Students Only]
  • データの保存と活用(講義と実習)(内藤)
  • 最終課題向けモデルレビュー(2)(講義)(佐野)


#072011/11/11 E-Cellを使う(4)
- simple.ess
- 講義資料(スクリプトで制御する)
  • スクリプトで制御する(講義と実習)(佐野)
  • 最終課題のモデルを選ぶ(佐野)


#082011/11/25 中間試験【非公開】
- 論文PDF: Simple model of spiking neurons [Enrolled Students Only]
E-Cellの使い方の理解、最終課題に選んだモデルの理解について口頭試問を
行う。

#092011/12/02 最終課題のモデル作成(1)【非公開】
- BioModelsからE-Cellへの移植過程(修正版)
- 論理/比較関数を用いたモデルファイル例(EMファイル)
各自、最終課題に取り組む。

#102011/12/09 最終課題のモデル作成(2)【非公開】
- 時間遅れを実装するためのProcess(zip)
- 時間遅れProcessを特別教室の環境で使うための補足資料
各自、最終課題に取り組む。

#112011/12/16 最終課題のモデル作成(3)【非公開】
各自、最終課題に取り組む。

#122012/01/06 最終課題のモデル作成(4)【非公開】
各自、最終課題に取り組む。

#132012/01/13 最終試験【非公開】
最終課題の口頭試問を行う。

#142012/01/20 成果発表会【非公開】
最終課題のプレゼンテーションを行う。

#15 質疑応答


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