KGC


[ Japanese ]
BIOSIMULATION

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TitleBIOSIMULATION [ Syllabus ]



Faculty Yasuhiro Naito,Hitomi Sano
Term2013 Fall
Level Undergraduate


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#012013/09/27 ガイダンス/E-Cellチュートリアル
- 神経細胞のモデル
- 実習書
- ガイダンス(PDF)
 - 授業の進め方を説明します。(内藤)
 - この授業で実習に用いる細胞シミュレーション環境 E-Cell を、動かして
みます。(佐野)


#022013/10/04 微分方程式の基礎
- ハンドアウト:微分方程式の基礎(PDF)
- 演習2:結果の例(Excel)
- 演習4:結果の例(Excel)
- 演習6:population.em
- 演習7:Ex7.em
 - 微分方程式の基礎(講義)(内藤)
 - 微分方程式の基礎(実習)(内藤)


#032013/10/11 電気生理学入門
- イカ巨大軸索モデル
- 実習書
- 講義資料(PPT) [Enrolled Students Only]
 - 電気生理学の基礎(講義)(佐野)
 - 膜興奮のHodgkin-Huxleyモデル(講義と実習)(佐野)


#042013/10/18 E-Cellを使う(1)
- Michaelis-Menten
- Simple Mass Action
- 実習書
- 神経細胞モデル(改)
- 神経細胞モデルのオブジェクト構成(PDF)
- population.em(第2回と同じ)
 - E-Cellシステム概説(講義)(内藤)
 - 質量作用則(講義と実習)(佐野)


#052013/10/25 【非公開】E-Cellを使う(2)
- Hodgkin-Huxley model on BioModels (URL)
- テンプレート
- 実習書
- Michaelis-Menten (FixedODE)
- モデルレビュー(PDF) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Bindschadler and Sneyd (2001) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Goldbeter and Pourquié (2008) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Teusink (2000) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Nyman (2011) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Bucher (2011) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Teusink (1998) [Enrolled Students Only]
- 論文PDF:Kim (2007) [Enrolled Students Only]
 - EMを書く(講義と実習)(佐野)
 - 最終課題向けモデルレビュー(1)(講義)(内藤)

#062013/11/01 E-Cellを使う(3)
- ハンドアウト:データの保存と活用(PDF)
- Variable_CELL_V_neg_Value.txt
 - データの保存と活用(講義と実習)(内藤)
 - 最終課題向けモデルレビュー(2)(講義)(佐野)


#072013/11/08 E-Cellを使う(4)
- ハンドアウト:スクリプトで制御する(PDF)
 - スクリプトで制御する(講義と実習)(内藤)
 - 最終課題のモデルを選ぶ


#082013/11/15 【非公開】中間試験
E-Cellの使い方の理解、最終課題に選んだモデルの理解について口頭試問を
行う。

#092013/11/29 【非公開】最終課題のモデル作成(1)
- 最終課題一覧(Excel) [Enrolled Students Only]
- Bindschadler01-0.em
- Bindschadler01-1.em
- Bindschadler01-2.em
- Bindschadler01-3.em
- Bindschadler01-4.em
- Bindschadler01-5.em
- Bindschadler01@BioModels (URL)
各自、最終課題に取り組む。

#102013/12/06 【非公開】最終課題のモデル作成(2)
各自、最終課題に取り組む。

#112013/12/13 【非公開】最終課題のモデル作成(3)
各自、最終課題に取り組む。

#122013/12/20 【非公開】最終課題のモデル作成(4)
各自、最終課題に取り組む。

#132013/12/27 【非公開】最終試験
最終課題の口頭試問を行う。

#142014/01/17 【非公開】成果発表会
最終課題のプレゼンテーションを行う。

#15 質疑応答


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